Sistem akademi di Pondok Pesantren Daar el-Qolam mengacu terbagi atas dua jalur, yakni Jalur Ajar dan Jalur Asuh.
Jalur ajar (atau Jalur Pengajaran) merujuk pada jalur pendidikan yang memfokuskan pada kegiatan-kegiatan yang mampu meningkatkan tingkat dan kualitas intelektual santri Pondok Pesantren Daar el-Qolam.
Sementara itu, Jalur Asuh (atau Jalur Pengasuhan) menitikberatkan pada pengawasan kehidupan santri di lingkungan asrama selama 24-jam. Agenda dan program yang disediakan oleh Pondok Pesantren Daar el-Qolam ditujukan untuk mengadakan perwalian dan pengasuhan terhadap santri dalam berbagai aspek, mulai dari aspek etika (akhlaqul karimah), aspek kepribadian (personalitas), sikap, dan juga kelakuan.
Pengajaran
Aktualisasi kegiatan yang dikembangkan pada aspek pengajaran, dilakukan dalam bentuk kegiatan-kegiatanIntrakurikuler dan Ekstrakurikuler. Kedua pola kegiatan tersebut, dilakukan secara terprogram dan dipandu langsung oleh tenaga pengajar yang secara 24 jam tinggal dilingkungan pesantren.
Kegiatan intrakurikuler adalah prosesbelajar – mengajar yang pada umumnya dilakukan dalam bentuk in-class session program. Secara umum, muatan materi yang diberikan adalah materi pelajaran yang mengkolaborasikan antara kurikulum pesantren, kurikulum Departemen Agama dan Departemen Pendidikan Nasional. Dengan masa pendidikan 6 tahun untuk lulusan Sekolah Dasar atau yang sederajat dan 4 tahun untuk lulusan Sekolah Lanjutan Tingkat Pertama atau yang sederajat.Pada jenjang Sekolah Lanjutan Tingkat Atas, terdapat beberapa pilhan in-class session program yaitu (i) SMA dengan jurusan IPS dan IPA; (ii) Madrasah Aliyah dengan jurusan IPS dan IPA
Kegiatan Ekstrakurikuler adalah proses belajar mengajar yang dilakukan dalam bentuk off Class Session. Kegiatan ini berupaya untuk menyalurkan dan mengembangkan minat dan bakat santri dalam berbagai bidang. Sejumlah kegiatan ekstrakurikuler antara lain meliputi pengembanganketerampilan, kepramukaan, seni dan olahraga.
Pengasuhan
Agenda dan program yang diberikan kepada santri pada aspek pengasuhan dimaksudkan untuk memberikan pembinaan dan pengembangan kepada santri dari aspek afektif (etika) dan psikomotorik (daya dorong untuk maju dan berkembang melalui bakat dan kemampuan santri masing-masing). Kegiatan ini dilakukan dalam bentuk-bentuk: (i) Disiplin Ritual Ubudiah; (ii) Disiplin Kehidupan Keseharian; (ii) Pendidikan Manejemen Kepemimpinan; (iii) Pengembangan minat dan bakat.