Pondok Pesantren Daar el-Qolam menyelenggarakan kurikulum yang memadukan Bidang Studi Umum (Kurikulum yang dibuat oleh Kementrian Pendidikan Nasional dan Kementrian Agama), dan Bidang Studi Agama (Kurikulum Pesantren) dalam satu sistem yang terpadu. Kurikulum yang diselenggarakan di Pondok Pesantren Daar el-Qolam terbagi atas kurikulum intrakurikuler, ko-kurikuler dan ekstrakurikuler.

Kurikulum Intrakurikuler

Kegiatan intrakurikuler adalah proses belajar-mengajar yang pada umumnya dilakukan dalam bentuk in-class session program, di mana tenaga pengajar terlibat secara langsung dengan sistem klasikal. Secara umum, muatan materi yang diberikan adalah materi pelajaran yang mengkolaborasikan antara kurikulum pesantren, kurikulum Departemen Agama dan Departemen Pendidikan Nasional. Dengan masa pendidikan 6 tahun untuk lulusan Sekolah Dasar atau yang sederajat dan 3 tahun untuk lulusan Sekolah Lanjutan Tingkat Pertama atau yang sederajat. Pada jenjang Sekolah Lanjutan Tingkat Atas, terdapat beberapa pilihan in-class session program yaitu:
(i) SMA dengan jurusan IPS dan IPA;
(ii) Madrasah Aliyah dengan jurusan IPS dan IPA

Dalam perjalanannya,kurikulum Pondok Pesantren Daar el-Qolam senantiasa mengikuti dan mengadaptasikan diri dengan perkembangan kurikulum nasional, seperti telah dilaksanakannya Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan (KTSP) yang hingga kini telah berjalan selama 2 tahun pelajaran. Selain itu, dengan menyandangnya Daar el-Qolam sebagai Rintisan Sekolah Bertaraf Internasional (R-SMA-BI) kami juga sedang mengembangkan kurikulum bertaraf internasional yang berkiblat kepada Cambridge International Examinations (CIE) meski hingga saat ini kami belum merampungkannya.

Kegiatan Kokurikuler

Kegiatan Kokurikuler merupakan kegiatan tambahan santri (muatan lokal) yang wajib diikuti, meski tidak mesti berada di dalam kelas. Berikut ini adalah beberapa kurikulum kokurikuler:

1. Kegiatan Latihan Pidato dalam Tiga Bahasa–Bahasa Arab, Bahasa Inggris, dan Bahasa Indonesia (muhâdharah). Khusus untuk kelas akhir, juga diperkenalkan kegiatan latihan presentasi, dan juga kegiatan debating.

2. Kajian kitab-kitab salafiyah, yang biasa dilakukan pagi hari.

3. Pembinaan Pembacaan al-Quran

4. Disiplin dalam penggunaan Bahasa Arab dan Bahasa Inggris dalam percakapan sehari-hari.

5. Kepramukaan dan Keputrian

6. Tahfizhu-’l-Qur’ân (beberapa surat tertentu) sebagai syarat kelulusan pada kelas 6.

7. Disiplin Hidup

8. Disiplin dalam melaksanakan ritual `ubudiah;

9. Pendidikan Manajemen Kepemimpinan (leadership) melalui Ikatan Santri Madrasatul Mu`allimien al-Islamiyah (ISMI), baik Putra maupun Putri.

Kegiatan Ekstrakurikuler

Kegiatan Ekstrakurikuler adalah proses belajar mengajar yang dilakukan dalam bentuk off-class session, meski juga melibatkan guru ataupun pelatih. Kegiatan ini berupaya untuk menyalurkan dan mengembangkan minat dan bakat santri dalam berbagai bidang. Para santri bisa memilih kegiatan ekstrakurikuler mereka dengan tidak mengesampingkan tugas utamanya yakni belajar dalam kegiatan intrakurikuler dan juga kokurikuler. Berikut ini adalah beberapa kegiatan ekstrakurikuler di Pondok Pesantren Daar el-Qolam:

1. Diskusi dan Penelitian Ilmiah, dalam sebuah organisasi “KIS”–Kelompok Ilmiah Santri

2. Pengembangan Olahraga.

3. Pengembangan Seni musik melalui band “DMC – Daar el-Qolam Music Club“, Marching Band Nasyid-Q “Nada Syiar Daar el-Qolam”, Qashidah, Hadroh, dan Marawis.

4. Pengembangan Seni Beladiri (Tapak Suci, Karate, dan Taekwondo);

5. Tahsînu-’l-Quran melalui Jam`iyyatu-l-Qurra (JMQ)

6. Tahfîzu-l-Qur’ân melalui Jam`iyyatu Huffazhi-’l-Qur’ân (JHQ)

7. Pengembangan jurnalistik dan publisitas,

8. Pengembangan Teater dan Pentas Seni.